江苏省农业科学院蔬菜研究所的前身是1931年创建的原中央农业实验所农艺系蔬菜专业，1949年新中国成立后改为华东农业科研所园艺学系蔬菜学组，1979年正式成立江苏省农科院蔬菜所。自成立后先后育成国内第1个番茄、辣椒、茄子优良杂交种和第1个高抗枯萎病优质西瓜杂交种。

蔬菜所的定位是：以应用研究为主，有重点地开展应用基础研究，大力开展安全节本实用新技术研究的公益型研究所，为江苏省及华东蔬菜产业发展，企业增效，农民增收提供技术支撑和储备。现有职工66人，其中编内科技人员59人，研究员19人，副研究员21人，博士37人，硕士20人，博士后1人，在读研究生12人。现设有10个创新团队，分别为辣椒创新团队、西甜瓜创新团队、番茄创新团队、茄子创新团队、白菜创新团队、甘蓝生物技术创新团队、甘蓝种质创新团队、瓜类蔬菜创新团队、蔬菜栽培创新团队、食用菌创新团队。分别从事辣椒、西甜瓜、番茄、茄子、白菜、甘蓝、花菜、瓜类蔬菜、食用菌等20余种蔬菜的品种选育及栽培技术研究和科技服务工作，在全省各地建设有5个产业研究院，9个亚夫科技服务工作站。

“十三五”以来，共承担研究课题近160项，到经费8000余万元。其中主持国家级课题30余项，国家现代农业产业技术体系科学家岗位2个（西甜瓜产业技术体系砧木育种岗位、食用菌产业技术体系虫害防控岗位），蔬菜综合试验站1个（国家大宗蔬菜产业技术体系淮安综合试验站）。育成新品种80多个，其中通过非主要农作物品种登记的品种55个；申请植物新品种保护权30项，获得22项，获得发明专利28项；发表论文234篇，其中SCI论文68篇。获得部省级以上科技奖5项。单位建有江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室、高效园艺作物种子种苗产业化示范基地等科研基础平台，依托江苏南京白马国家农业科技园区核心区-江苏省农科院溧水植物基地及江苏省农业科学院六合动物科学基地等科研基础条件。